Действовала на правом фланге южной группировки немецких войск на территории Молдавии, Юга Украины, в Крыму и на Кавказе. Руководителем группы первоначально был Отто Олендорф, в апреле 1942 г. его сменил оберфюрер СС Биркамп Вальтер. В состав айнзатцгруппы входило несколько оперативных и особых команд. В каждом из этих подразделений насчитывалось по 150–170 сотрудников, в том числе по 25–30 сотрудников Гестапо. Командам были приданы по взводу полицейских и солдат СС — из них формировались команды для проведения экзекуций.

До вступления на советскую территорию айнзатцгруппа Д располагалась в Румынии, в июне 1941 г. — в Бессарабии (штаб в Кишиневе), зондеркоманда 11А — в Черновицах, зондеркоманда 11Б — в Тирасполе, айнзатцкоманда 12 — в Белгороде-Днестровском (Аккермане) и Измаиле. Впоследствии все эти подразделения двинулись в глубь СССР.

Во время пребывания в Крыму при группе были созданы антипартизанские батальоны и роты крымских татар.

Для координации деятельности всех карательных структур при проведении антипартизанских операций был создан специальный орган под руководством высшего руководителя СС и полиции Крыма оберфюрера СС Гоха. Начальником штаба органа был назначен Эберхардт Хайнце.

В мае 1943 г. айнзатцгруппа Д была переименована в «Кампфгруппу Биркампа», а в июле расформирована. Бывший начальник группы Биркамп был назначен командующим полиции безопасности и СД Кракова, где находился до 1945 г.

Зондеркоманда 10А. Была придана 171-й пехотной Дивизии и 30-му армейскому корпусу. «Прославилась» своими зверствами в Ставрополе, где проводила массовые уничтожения людей.