Начальниками органа были штурмбанфюреры СС Зитцен (1941–1942) и доктор Кристман Курт (1942–1943).

Зондеркоманда 10Б. Придана южной группировке немецких войск, затем 11-й армии. Начальниками команды были штурмбанфюреры СС Перстерер Алоиз (1941–1942) и Едамчик Эдуард (1942–1943).

Зондеркоманда ПА. Действовала при румынской группировке. Начальниками команды последовательно были: штурмбанфюреры Запп Пауль (1941–1942), Бает Герхард (1942), Херземанн Вернер (1942–1943).

Зондеркоманда 11 Б. Также была придана немецкой группировке «Зюд». Начальниками органа были: штурмбанфюреры СС Унглаубе Ханс (1941), Мюллер Бруно (1941), доктор Браун (1941–1942), оберштурбанфюрер Шульц Пауль (1942–1943).

Айнзатцкоманда 12. Действовала в тылу немецких войск на Южной Украине и Северном Кавказе. Начальниками органа последовательно были: штурмбанфюрер СС Носке Густав (1941–1942), штандартенфюрер СС доктор Мюллер Эрих (1942), оберштурмбанфюрер СС Германн Гюнтер (1942–1943).

Команда вела контрразведывательную работу и организовывала и проводила акции массового уничтожения населения. Помимо этих функций, присущих каждому подразделению полиции безопасности и СД, команда вела массовую антисоветскую пропаганду, для чего было создано специальное пропагандистское подразделение.

В подчинении команды было 4–5 отрядов, которые по мере надобности высылались в населенные пункты для проведения карательных акций.

При команде также был сформирован взвод из местных жителей, уроженцев Кавказа, для проведения арестов и конвоирования. При следствии применялись пытки и избиения. Большинство арестованных расстреливалось без суда по решению следователя, утверждаемому начальником оперкоманды. Нередко расстрелы проводились без предварительного следствия, для разгрузки тюрьмы. При этом в книгах учета арестованных против фамилии казненного ставилась отметка «Выбыл на работу в Германию». Расстрелы евреев производились без учета фамилий, учитывалось лишь их общее количество. С сентября 1942 г. массовые казни производились с помощью двух автомобилей-душегубок.