В оккупированных районах, находившихся под контролем немецкой администрации, территориальные органы полиции безопасности и СД были единым аппаратом, исполнявшим обязанности Гестапо, полиции и СД. Управление этими органами осуществляли командующие или начальники полиции безопасности и СД.

В значительной мере создание данного аппарата проводилось на базе уже имевшихся структур айнзатцгрупп. Так, командующие территориальными органами полиции безопасности и СД Украины и рейхс-комиссариата «Остланд» по совместительству исполняли обязанности начальников айнзатцгрупп А и Ц. Штабы командующих полиции безопасности и СД Украины и рейхскомиссариата «Остланд» были немногочисленны и насчитывали приблизительно по 25 человек. Штабы осуществляли руководство подчиненными им органами полиции безопасности и СД и отчитывались за их деятельность перед РСХА.

Строение каждого из этих штабов соответствовало структуре РСХА:

1-й отдел — подготовка и комплектование органов кадрами;

2-й отдел — материальное обеспечение;

3-й отдел — служба безопасности (СД);

5-й отдел — крипо — криминальная полиция.

Каждый отдел был разделен на соответствующие рефераты и подрефераты.

Полиция безопасности и СД генерального округа «Эстония»

Была организована в декабре 1941 г. после перехода управления Эстонией от военных властей в руки гражданской администрации. При этом зондеркоманды 1А и 1Б, оперкоманда 1А были реорганизованы и превращены в территориальные органы и переподчинены генеральному комиссару полиции безопасности и СД генерального округа «Эстония» штандартенфюреру СС Занбергеру, позднее их возглавил оберштурмбанфюрер СС Баатц.

Управление располагалось в Таллине, а его аппарат был создан благодаря активной роли местных коллаборационистов. Для работы привлекались бывшие сотрудники полиции Эстонии, военнослужащие национальной армии, перебежчики из Красной Армии.