Руководящие сотрудники органа проходили подготовку в г. Фюрстенберге (Германия) в школе полиции безопасности при РСХА, другие сотрудники проходили подготовку в школе полиции в Таллине. Женщины обучались на специальных курсах технических ассистентов в Таллине. В программу подготовки входили различные дисциплины, связанные с агентурной работой полиции безопасности и СД. Школу возглавлял оберштурмфюрер СС Вийдлинг. К школе был присоединен уголовно-технический институт.

Аппарат начальника полиции безопасности и СД повторял структуру РСХА и был разделен на две группы — немецкую и эстонскую. Немецкие отделы именовались группой А и возглавлялись гауптштурмфюрером СС Корткампом. Эстонские отделы (группа Б) возглавлял до конца 1943 г. майор Мере, затем гауптштурмфюрер СС Эннок Юлиус Юханович.

Обе группы имели одинаковые функции, при этом начальники эстонских отделов подчинялись своим руководителям и параллельно — начальникам немецких отделов. Эстонские отделы вели контрразведывательную работу среди местного населения. Немецкая структура, кроме контроля параллельных эстонских отделов, также вела работу среди населения.

В непосредственном подчинении начальника полиции безопасности и СД находился охранный батальон, состоявший из четырех рот. Командиром батальона был оберштурмбанфюрер СС Баатц и гауптштурмфюрер СС Вайнло.

Местные органы полиции безопасности и СД были представлены тремя внешними отделами и 9 отделениями. Эти структуры также делились на линии А и Б. В конце 1942 — начале 1943 гг. внешние отделы имелись в городах Тарту, Пярну, Киивыли, отделения располагались в городах Пайде, Раквере, Нарве, Выру, Петсери (Печорах), Вильянди, Хаапсалу, Курессаре. До осени 1943 г. отделы полиции безопасности и СД имелись в городах Псков, Луга, Кунда, Локса, Кингисепп, Волосово. Контрразведывательные группы располагались в Луге, Плюссе и Стругах Красных и вели борьбу с партизанами и охраняли промышленные объекты от внедрения и диверсий советской агентуры.