Министерство полиции к тому времени уже имело картотеку, содержащую более тысячи досье на особенно опасных роялистов. Она носила название «шуанская география». Хотя тот факт, что о заговоре было известно полиции, содержался в глубокой тайне, Фуше всё же приказал арестовать и допросить нескольких шуанов, участвующих в заговоре. Один из них, Буве де Лозье, показал, что во Францию приехал Пишегрю и 28 января 1804 года состоялась встреча Моро, Пишегрю и Кадудаля. Моро, хотя и сочувствовал заговорщикам, отказался помогать им, и собеседники расстались, не придя к соглашению.

Ещё один арестованный шуан сообщил адреса конспиративных квартир, используемых вождями заговора. На одной из них задержали слугу Кадудаля. На допросе под пыткой он выдал адреса, где мог скрываться Кадудаль. В результате его удалось схватить. Вслед за ним арестовали и Пишегрю.

Хотя показания задержанных обеляли Моро, Бонапарт велел арестовать и его, как сообщника убийц-шуанов. Газеты поливали генерала грязью.

Узнав о провале заговора, ни граф д'Артуа, ни герцог Беррийский не высадились во Франции.

Заговорщики были преданы суду. Кадудаля приговорили к смертной казни и гильотинировали. Пишегрю до суда удавился (или его удавили) в тюремной камере. Многие из современников утверждали, что его смерть была делом рук Бонапарта, опасавшегося впечатления, которое могла произвести публичная защита обвиняемого в предстоящем процессе.

Местью Наполеона заговорщикам стал и расстрел герцога Энгиенского, но поскольку хитрый Фуше сумел «самоустраниться» от этой грязной операции, мы об этом эпизоде расскажем в другом очерке.

Из действительных или мнимых участников заговора в живых оставался один генерал Моро. Бонапарт не хотел, чтобы суд над ним выглядел как месть его старому сопернику, и отказался передать дела в военный трибунал. В результате его судил трибунал по уголовным делам. Учитывая смягчающие вину обстоятельства, Моро был приговорён к двухлетнему тюремному заключению, которое Наполеон заменил изгнанием. Он уехал в США, а в 1813 году вернулся в Европу.