Генерал Жан Виктор Моро присоединился к русской армии. 27 августа 1813 года, к концу битвы под Дрезденом, ядро, упавшее посреди главного штаба императора Александра, раздробило Моро оба колена. Умирая и проклиная себя, он воскликнул: «Как! Мне, мне, Моро, умереть среди врагов Франции от французского ядра?!»

Раскрытие и ликвидация заговора подняли авторитет Фуше в глазах Наполеона. В отсутствие императора он иногда фактически правил страной.

Он продолжал руководить полицией и разведкой, ведал агентурой и проводил то, что в разведке называют «активными мероприятиями». Например, во время кампании 1807 года, с целью столкнуть венгерское население с австрийцами, распространил среди венгров газеты, доказывавшие, что Австрия и Англия обманывают их.

Ещё со времени Эрфуртского конгресса 1808 года Фуше вместе с Талейраном втайне строили козни против императора. Эту игру они начинали всякий раз, когда им казалось, что жизнь или судьба императора находится в опасности. Они принимались изыскивать средства, чтобы самим заменить его или заменить другим лицом, или, в случае надобности, устранить его, ускорив его гибель, чтобы успеть самим спастись при крушении империи. Один из таких заговоров они устроили, когда Наполеон отправился в Испанию в 1808 году. Они организовали за кулисами новое правительство, во главе которого должны были стоять оба, а Мюрат лишь формально представлял бы власть.

Меттерних узнал об этом заговоре и сообщил о нём своему правительству, а Наполеону были переданы перехваченные письма. Разгневанный, он вернулся в Париж, но в результате… простил заговорщиков. Однако его терпению пришёл конец, и Наполеон всё же сместил с поста министра полиции такого изобретательного, ловкого и отлично осведомлённого человека, как Фуше. В 1810 году он решил заменить его на туповатого, но исполнительного генерала Рене Савари, герцога Ровиго.