Глава холдинга имеет привычку тщательно подбирать сотрудников для своей организации, при этом особое предпочтение отдает бывшим военным, возможно за их привычку беспрекословно подчиняться приказам. Демобилизованные офицеры составляют почти треть персонала ЛУКОЙЛа. Кроме того, топ-команда холдинга сформирована по принципу интернациональности, для того чтобы успешнее продвигать проекты компании в странах ближнего зарубежья. Вообще вопросами подбора кадров Вагит Алекперов предпочитает заниматься лично, не доверяя даже первому заместителю.

Среди покровителей Вагита Алекперов также называют Президента России Бориса Ельцина, благодаря указу которого олигарх получил контроль над ЛУКОЙЛом, а в 1996 году господин Алекперов, в свою очередь, представлял интересы Бориса Ельцина в Тюменской области на президентских выборах. Дружеские отношения сложились у Алекперова с бывшим председателем правительства, а ныне полномочным послом Российской Федерации на Украине Виктором Черномырдиным, с бывшим первым вице-премьером Николаем Аксененко, а также с Ремом Вяхиревым.

Однако бизнес не был бы таковым, если бы в нем отсутствовали конкуренты.

Среди конкурентов Алекперова называют Бориса Березовского, с которым предприниматель имел конфликт в октябре 2001 года из-за 15 % акций телекомпании ТВ-6, принадлежащих негосударственному пенсионному фонду ЛУКОЙЛ-Гарант.

Последние несколько лет у Алекперова складываются крайне напряженные отношения с губернатором Ненецкого автономного округа Владимиром Бутовым. Губернатор выражает недовольство тем, что под контролем ЛУКОЙЛ оказывается все больше месторождений, но при этом холдинг недостаточно активно осваивает эти запасы полезных ископаемых, в результате чего региональный бюджет края не получает того количества налогов, на которое мог бы рассчитывать. Алекперов же в свою очередь обвинял администрацию округа в том, что она всячески препятствует работе, а также занимается незаконными поборами.