На своем предприятии в Когалыме Алекперов развил невероятно бурную деятельность. В результате Алекперова заметили в Москве, и в январе 1990 года он получает перевод в столицу на должность заместителя министра нефтяной и газовой промышленности СССР. Так Вагит Алекперов стал самым молодым в СССР государственным чиновником такого ранга, а уже в 1991 году он получил должность первого заместителя министра нефтяной и газовой промышленности СССР.

По поводу назначения Алекперова на столь высокую должность, в Сибири шутили, что этот пост достался Вагиту Юсуфовичу за строительство коммунизма в отдельно взятом городе, а в шутке всегда есть доля истины. Действительно, Когалым был обеспеченнее и комфортнее других нефтяных городков. Алекперов сразу же запретил бараки, даже в первое время, а распорядился сразу же строить капитальное жилье, обеспечил прекрасное снабжение населения продуктами. Кроме того, Алекперов добивался значительных производственных успехов, о которых регулярно докладывал в Москву.

Кроме усердия и старательности в делах, Алекперов всегда обладал фантастической способностью всегда и везде находить влиятельных покровителей, без поддержки которых не было бы всех вышеперечисленных успехов.

Среди покровителей Алекперова называют Леонида Филимонова, который занимал пост директора Нижневартовскнефтегаза, затем должность главы министерства, а после перестройки стал президентом Восточной нефтяной компании.

Леонид Филимонов и Вагит Алекперов вместе разработали детальную схему так называемого вертикального интегрирования нефтяных компаний ВИНК, позже эта идея легла в основу его докторской диссертации Алекперова. Согласно их концепции вся цепочка предприятий по добыче, переработке и продаже нефти объединялась в единый холдинг. Собственно говоря, идея проекта не была новой, по аналогичной схеме работают многие нефтяные компании мира, например, итальянский государственный нефтяной концерн ENI. В России же с подобным предложением выступили впервые. Идея с восторгом была принята, холдинг немедленно создан, а возглавил его господин Алекперов. Так Вагит Юсуфович стал президентом нефтяного концерна ЛУКОЙЛ.