Дело в том, что в МИНХе аспирантура была закрыта по обвинению в поддержке мелкобуржуазных отношений. Учеба в аспирантуре, где он познакомился с такими выдающимися учеными, как профессор Бирман, Каменицер и другие, повлияла на то, что у Абалкина появилась своя собственная «школа». С 1961 года Леонид начинает преподавать. К тому времени Московский государственный экономический институт и Московский институт народного хозяйства объединились. Он становится ассистентом кафедры политэкономии, где будет работать еще 15 лет, пройдя все ступени научной и педагогической карьеры: старший преподаватель, доцент, доктор экономических наук, профессор, заведующий кафедрой. Играл значительную роль в парткоме института. С 1966 по 1968 год даже являлся секретарем парткома института. Интересен случай, связанный с его назначением на эту должность. Тогда секретарем парткома можно было стать только после утверждения на заседании Секретариата, который вел Первый секретарь МГК, член Политбюро ЦК КПСС В.В. Гришин. И вот, когда Абалкина представили на заседании, по залу побежал шепот, а один из присутствовавших высказал недоумение: «Как же так, заведующий кафедрой и одновременно секретарь парткома?» Гришин не растерялся и заметил: «Почему ректор может быть заведующим кафедрой, а секретарь парткома нет?». В качестве заведующего кафедрой он проработал 10 лет.

Докторская диссертация, которую защитил Абалкин, была посвящена роли государства в регулировании социалистической экономики.

Пресс-секретарем Брежнева Леонид Абалкин стал одновременно с занятием в 1976 году должности заместителя заведующего кафедрой проблем управления в Академии общественных наук при ЦК КПСС. В 1978 г., когда АОН объединилась с Высшей партийной школой, возникла вакансия заведующего кафедрой политэкономии. Роль заведующего кафедрой политэкономии главного партийного высшего учебного заведения страны в те годы было трудно переоценить, ведь это была, ключевая структура страны, поставляющая стране подготовленные квалифицированные кадры, от которых во многом зависели статус и положение выпускников одного из самых престижных ВУЗов страны.