Эхнатон так привязался к жене, что не отпускал ее от себя ни на шаг. Постепенно Нефертити стала не только главным советником фараона практически по всем вопросам, но и неофициальной правительницей Египта. Возможно, эта идиллия длилась бы бесконечно, но Нефертити не повезло, шесть раз она ждала наследника, но рождались дочери. Эхнатон постепенно охладел к царице, ее место заняла самая красивая наложница фараона — Киа, но вскоре и Киа ему наскучила. Тогда Эхнатон объявил о том, что он избрал себе в жены свою третью дочь Анхесенатон, которой было в ту пору всего восемь лет. А через три года ее отца-мужа убили.

Наследником Эхнатона, которого после смерти называли не иначе как «преступный Эхнатон», стал Сменхкар, муж его старшей дочери. Но он правил недолго. После него трон унаследовал Тутанхатон.

Нефертити женила десятилетнего Тутанхатона («Живое подобие Атона»), который, по разным версиям, был либо сыном Эхнатона, либо его сводным братом (вторая версия более распространена) на Анхесенатон. Два их ребенка умерли в раннем возрасте.

Когда Тутанхатон пришел к власти, он еще не мог самостоятельно управлять, поэтому от его имени правил страной сподвижник Эхнатона Эйе, престарелый сановник.

Чтобы усмирить волнения, культ Атона запретили так же, как ранее культ Амона. Сторонники прежней религии снова приобрели вес. Столицей опять стали Фивы, и фараон теперь именовался по-новому — Тутанхамон («Живое подобие Амона»), а его жена стала зваться Анхесенамон («Живет она только Амоном»). Усилиями старого мудрого Эйе десятилетие правления Тутанхамона было относительно спокойным периодом, и, когда молодой фараон умер (неизвестно, своей смертью или его убили), ввиду отсутствия у Тутанхамона наследников, Эйе занял его место.

Тутанхамона похоронили со всеми почестями, полагавшимися фараону. Вместе с ним похоронили изображения животных, статуи, повсюду в изобилии разложили предметы, которые могли бы понадобиться фараону в загробной жизни. Самого Тутанхамона забальзамировали, мумифицировали и уложили в саркофаг из чистого листового золота. Голову мумии накрыли искусно сделанной золотой маской. Эта маска со временем стала символом вечной юности, так как Тутанхамону на момент смерти, предположительно, было около 19 лет.