Руководящая роль В. И. Ленина, Коммунистической партии в деятельности ВЧК проявлялась в систематическом контроле партийных и советских органов за работой чрезвычайных комиссий. Одной из основных форм контроля было заслушивание докладов и отчетов ВЧК на заседаниях ЦК РКП (б), СНК и СТО.

ВЧК работала в теснейшем контакте с аппаратом Центрального Комитета РКП (б), информируя ЦК и В. И. Ленина о принципиальных вопросах обеспечения государственной безопасности, о конкретных мероприятиях по предупреждению и пресечению подрывной деятельности враждебных сил. В феврале 1919 г. ЦК РКП (б) констатировал, что ВЧК постоянно находилась в непосредственной связи с партийным центром

Предметом постоянного внимания ЦК РКП (б) и В. И. Ленина была забота о поддержании атмосферы коммунистического доверия и взаимной поддержки в работе партийных комитетов и чекистских органов на местах. В этой связи характерны указания В. И. Ленина по поводу конфликта между особым отделом РВС Каспийско-Кавказского фронта и Астраханским губкомом и губисполкомом. «Конфликт с партийным комитетом недопустим, — указывал он. — Примите все меры к дружной, согласованной работе»

Важной формой партийного влияния на деятельность органов ВЧК была политика ЦК РКП (б) в решении вопросов подбора, расстановки и воспитания чекистских кадров. Партия направляла на работу в ВЧК наиболее опытных коммунистов, лучших представителей рабочего класса.

По предложению В. И. Ленина председателем ВЧК был назначен Феликс Эдмундович Дзержинский — профессиональный революционер, опытный подпольщик, член партии с 1895 г., кристально чистый человек, до конца преданный делу рабочего класса. Он был образцом высокой партийности, для него «партийная директива была всем».