В первые годы Советской власти вырабатывались важнейшие ленинские принципы организации и деятельности советского государственного аппарата. Такие из них, как руководство Коммунистической партии, связь с массами и строгое соблюдение революционной законности, стали основой деятельности ВЧК. Постоянно осуществляя политическое руководство органами ВЧК, В. И. Ленин, Коммунистическая партия требовали, чтобы все государственные учреждения, в том числе и ВЧК, сверяли свою деятельность с политической линией Центрального Комитета партии. Говоря о руководящей роли ЦК РКП (б) в работе государственного аппарата, В. И. Ленин писал: «Ни один важный политический или организационный вопрос не решается ни одним государственным учреждением в нашей республике без руководящих указаний Цека партии».

Внимание ЦК РКП (б) к работе ВЧК выражалось в рассмотрении на пленумах, на заседаниях Политбюро и Оргбюро важнейших вопросов, касающихся чекистских органов, в принятии решений по принципиальным вопросам обеспечения безопасности Советской республики. В работе многих заседаний ЦК РКП (б) и Советского правительства при рассмотрении вопросов, относящихся к сфере деятельности ВЧК, принимал непосредственное участие В. И. Ленин. Он являлся автором ряда проектов декретов и постановлений о ВЧК, которые выносились на обсуждение и утверждение Всероссийского Центрального Исполнительного Комитета (ВЦИК), его Президиума, Совета Народных Комиссаров (СНК), Совета Рабоче-Крестьянской Обороны (Совета Обороны), Совета Труда и Обороны (СТО).

Прямыми партийными директивами органам ВЧК служили декреты и постановления Советской власти. В них находила выражение практическая политика Коммунистической партии в государственном, экономическом и социальном строительстве. В декабре 1917 г. Центральный Комитет партии в письме местным партийным комитетам указывал: «Если же вам нужно знать линию ЦК, то рекомендуем вашему вниманию все декреты Совета Народных Комиссаров, так как они проводят в жизнь программные вопросы нашей партии».