Вернувшись из Испании, 35-летний капитан 1-го ранга получил назначение на должность заместителя командующего Тихоокеанским флотом и с присущей ему энергией стал изучать специфику одного из самых молодых флотов страны. Основу будущего флота должны были составить подводные силы и морская авиация. Самой большой проблемой, с которой пришлось столкнуться Кузнецову, была нехватка командных кадров, вызванная массовыми репрессиями в армии и на флоте. Ему самому меньше чем через год пришлось принять командование флотом, так как бывший командующий Г.П.Киреев был арестован в Москве в конце 1937 года. Николай Герасимович был в должности командующего Тихоокеанским флотом с 10 января 1938 по 28 марта 1939 года.

На Дальнем Востоке было неспокойно. Японцы господствовали на море и стремились к захвату новых территорий. В состав флота Японии входили 10 авианосцев, 10 линкоров, 35 крейсеров и более 100 эсминцев. Советский Тихоокеанский флот имел примерное равенство с японцами только по подводным лодкам, в остальных видах кораблей он явно уступал. Дальневосточное побережье было практически не защищено, и японское командование могло высадить военные силы в любой точке.

Неотложными задачами нового командующего стали строительство береговых батарей и усиление морской авиации. В ряде пунктов велось усиленное строительство аэродромов и военных городков. Город Владивосток – главная база флота – был оборудован мощными береговыми батареями и авиационным прикрытием, в строй входили новые корабли, укреплялись морские и сухопутные границы, были проведены учения по взаимодействию флота и армейских частей в местах наиболее возможной высадки войск противника.