В декабре 1937 года постановлением ЦИК и СНК СССР был создан Наркомат ВМФ СССР; в марте 1938 года Н.Г.Кузнецов был введен в состав Главного военного совета ВМФ при Наркомате ВМФ.
В июле 1938 года японские войска перешли границу на юге Приморья, возле озера Хасан, стремясь захватить сопки Заозерную и Безымянную, так как с них открывалась прямая дорога на Владивосток. Здесь развернулись ожесточенные бои с большими потерями с обеих сторон. Кузнецов лично выезжал в район боевых действий, а флот непрерывно перебрасывал к местам сражений военные части и грузы и вывозил раненых.
Ожидая нападения японского флота с моря, Николай Герасимович отдал приказ подводным силам занять позиции на возможных путях движения японских кораблей. Торпедные катера также находились в боевой готовности.
28 марта 1939 года Н.Г.Кузнецов был назначен заместителем наркома ВМФ, а 28 апреля 1939 года – народным комиссаром ВМФ.
Новому наркому приходилось решать все вопросы непосредственно со Сталиным. А это было непросто. Мнение Сталина было решающим. Если он соглашался с предложениями наркома ВМФ, то вопрос решался быстро, а если у него была другая точка зрения, то тогда надо было доказывать и доказывать необходимость осуществления той или иной меры. Требовались компетентность, серьезная аргументация и смелость, и Кузнецов обладал необходимой решительностью и ответственностью.
Новая программа была намечена еще в 1937 году и предусматривала строительство флота, равного ВМС США и Великобритании, в течение 8—10 лет. Программа не только не имела должного оперативно-стратегического обоснования, но и не учитывала возможностей отечественной промышленности. Поэтому сразу же остро встали вопросы строительства кораблей, баз, разработки необходимой документации, обучения и воспитания личного состава. Нарком ВМФ активно вел работу по выполнению кораблестроительной программы, хотя было ясно, что реализовать ее полностью в намеченные сроки нереально. Следует сказать, что к моменту принятия новой программы в советской военной теории не рассматривался вопрос о применении тяжелых надводных артиллерийских кораблей как ядра сил ВМФ. В то время господствовала «теория малой войны на море». Вся программа больше опиралась на зарубежный опыт строительства ВМС.