В середине июля 1940 года нарком издал приказ о введении в действие «Наставления по боевой деятельности штабов соединений ВМФ», а в декабре того же года – «Временного наставления по ведению морских операций».
Флоты получили также наставления по организации боевой деятельности военно-воздушных сил, подводных лодок, надводных кораблей. Было разработано положение о тыле, в котором определялись его задачи и функции по обеспечению боевой деятельности кораблей. Приказом наркома вводились в действие новые уставы – «Корабельный устав ВМФ СССР» и «Дисциплинарный устав ВМФ СССР».
Нарком Кузнецов не раз обращал внимание на необходимость отработки стратегического взаимодействия между армией и флотом. Дело в том, что такое взаимодействие не было закреплено в документах высшего военно-политического руководства страны, оно было поставлено в зависимость от личного отношения между руководителями двух наркоматов. Кузнецов все-таки добился принятия директивы, определившей задачи флотов и общий порядок их взаимодействия с войсками Красной Армии.
Нарком стремится привлечь к флоту внимание общественности. Он предложил ежегодно праздновать День Военно-Морского Флота в последнее воскресенье июля.
Для улучшенной подготовки командного состава были приняты меры к совершенствованию работы в уже действовавших учебных заведениях, и в первую очередь в Военно-морской академии. В 1939 году был назначен новый ее начальник – Г.А.Степанов, и академия стала подчиняться непосредственно наркому. Командные военно-морские училища были преобразованы в высшие учебные заведения. В 1940 году по предложению наркома ВМФ правительство приняло решение об открытии семи морских спецшкол, а в начале 1941 года была создана школа боцманов.