Кузнецов считал, что надо строить корабли различных классов, но учитывать при этом особенности наших морских театров и вероятного противника. По его признанию, в то время он не имел четкого представления о советской военной доктрине, полагая, что она «в голове у Сталина».

С началом Второй мировой войны проблемы строительства флота обозначились еще острее. В 1940 году было принято решение форсировать строительство легких сил ВМФ – подводных лодок, малых надводных кораблей – эскадренных миноносцев, тральщиков, катеров, а крупные корабли не закладывать. Несмотря на трудности, объем военного кораблестроения возрастал. К началу 1941 года ВМФ насчитывал более 900 кораблей и обладал значительным боевым потенциалом.

В подготовке флота к выполнению своей задачи нарком отводил большую роль учебе непосредственно в море. Уже в мае 1939 года состоялись большие учения сил Черноморского флота, а в конце июля того же года Кузнецов руководил учениями сил Балтийского флота. В сентябре были приняты новые планы подготовки флота, соответствующие международной обстановке.

В ноябре 1939 года Кузнецов утвердил инструкцию о состоянии боевой готовности к отражению и проведению первых операций в случае нападения противника. Система предусматривала три степени готовности. Готовность № 3 – обычное состояние частей и кораблей, плановая учеба состава и сменное дежурство. Готовность № 2 предусматривала наличие на кораблях неснижаемого запаса топлива и боезапаса, увольнения сокращались до минимума, устанавливались круглосуточные дежурства, дозоры и патрулирование.