20 ноября 1997 года был назначен министром топлива и энергетики РФ вместо Б.Немцова.

19 декабря 1997 был введен в состав коллегии представителей государства в РАО «Газпром». 6 января 1998 года был назначен председателем Коллегии представителей государства в РАО «ЕЭС России», 5 мая 1998 года покинул этот пост.

23 марта 1998 года был назначен первым заместителем Председателя Правительства РФ вместо А.Чубайса, а также и.о. Председателя Правительства РФ. 24 апреля 1998 года на заседании Государственной Думы был утвержден Председателем Правительства РФ.

28 апреля 1998 года был назначен председателем Временной чрезвычайной комиссии при Президенте РФ по укреплению налоговой и бюджетной дисциплины (ВЧК). 29 апреля 1998 года был назначен председателем исполкома Союза России и Белоруссии. С мая 1998 года также курировал вопросы деятельности компаний «Росвооружение», «Российские технологии», «Промэкспорт». Кроме этого, на него были возложены обязанности контроля за осуществлением военно-технического сотрудничества с иностранными государствами, координация вопросов военной реформы. В мае 1998 года был назначен председателем Государственной комиссии по военному строительству. 15 мая 1998 года возглавил Комиссию Правительства РФ по экономической реформе и Консультативный совет по иностранным инвестициям в России. 20 мая 1998 года был включен в состав постоянных членов Совета Безопасности РФ, 1 октября 1998 года был исключен из состава. В августе 1998 года был утвержден на посту председателя Российской части Межправительственной комиссии по экономическому сотрудничеству между Российской Федерацией и Республикой Узбекистан.

23 августа 1998 года был отправлен в отставку вместе со всем кабинетом министров — по результатам финансового кризиса.