Да и общая атмосфера благотворительной деятельности, которая во многих случаях является самообманом нечистой совести, не могла удовлетворить остро ощущавшего любую фальшь Швейцера. Работа в Африке привлекала его именно независимостью от официальной благотворительности. При этом вначале он допускал также возможность собственно миссионерской работы, но с удивлением обнаружил, что для руководителей парижского Миссионерского общества тонкости теологических убеждений имели куда более важное значение, чем готовность к христианскому служению. И тогда он решает работать только врачом, чтобы свести к минимуму и эту зависимость от Миссионерского общества. Во имя следования принципу индивидуального действия (хотя, разумеется, не единственно ради этого) Швейцер взваливает на себя тяжелейший труд изучения медицины, совершенно новой для него области знания. Так, профессор Страсбургского университета, которому уже перевалило за тридцать, на шесть с лишним лет вновь становится студентом.

Швейцер, как известно, держался в стороне от официальных институтов и организаций, даже от общественных, гуманистически ориентированных движений. В конце жизни он включился в организованную борьбу за мир, участвуя в акциях движения сторонников мира. Некоторые его биографы и комментаторы склонны видеть в этом отступление от индивидуализма, отказ от принципа индивидуального действия. Но это верно лишь отчасти. Особенность миротворческой деятельности Швейцера состояла также в том, что он стремился придать ей строго целевой и контролируемый характер, ограничив ее главным образом и по преимуществу борьбой за запрещение испытаний атомного оружия. Внимательно изучив существо дела, Швейцер пришел к выводу, что абсолютная необходимость запрещения атомного оружия заключена в нем самом, а потому борьба против него при всех условиях служит благу людей. Стремление Швейцера быть точным в общественных суждениях было выражением его принципа индивидуальных действий. В этом плане интересна его беседа с группой советских туристов, состоявшаяся в конце 1961 года. Один из бывших в этой группе журналистов, рассказ которого воспроизводится в книге Б. Носика "Швейцер", несколько раз пытался втянуть Швейцера в разговор о проблемах Африки, но Швейцер заявил, что ему неизвестны такие проблемы, что он знает только Габон и "сидит здесь, как мышь в норе".