Оставаясь ученым-профессионалом, преподавателем, мыслителем, Вернадский никогда не чурался, как мы теперь говорим, общественной работы, принимал близко к сердцу все невзгоды и трудности, выпадавшие на долю родной страны. В голодные годы он много времени, сил и средств потратил на организацию помощи голодающим. В своей статье «Три решения», опубликованной в 1906 году, он писал: «В сложной конструкции русской общественной жизни соединились все самые тяжелые стороны как современного капиталистического строя, так и старинного государственного устройства, где народные массы несут лишь служилое тягло, где они являются рабской безличной основой государственного благополучия. На русский народ выпала фатальным ходом истории доля двойной тяготы: бесправие, полная подчиненность государству, самые элементарные нарушения права личности, отнятые в пользу государства на чуждые цели… соединились с захватом в пользу меньшинства источников народного богатства с эксплуатацией его труда, тесно связанной с основными условиями современного строя…»

В 1906 году Вернадского избирают членом Государственного Совета от Московского университета. Два года спустя он становится экстраординарным академиком. С 1906 по 1918 год выходят в свет отдельные части его фундаментального труда «Опыт описательной минералогии», во многом не устаревшего до сих пор. С этой поры начинается расцвет его творчества.

Целиком уйти в научную и преподавательскую деятельность Владимир Иванович не пожелал, продолжая активно участвовать в общественной жизни. В 1911 году он в числе многих профессоров покидает Московский университет в знак протеста против антидемократических действий правительства и переезжает в Петербург. Реорганизует Минералогический музей Академии наук. Продолжает радиогеологические исследования и экспедиции, утверждая, что радиоактивность имеет огромное значение в жизни земной коры, в судьбе многих минералов и в будущем человечества. Изучает закономерности газового дыхания Земли.