Примерно через полгода столкновения на националистической почве перекинулись в город Ош, на территорию Киргизии. В то время первым секретарем обкома партии этого региона был Усен Садыков, выходец с юга республики. Он принял решение забрать земли колхоза им. Ленина, которые возделывали в Оше узбеки, и отдать их киргизам. Это привело к межнациональным столкновениям. Подразделения МВД Киргизии не смогли справиться с ситуацией — и она вышла из-под контроля. С горных районов Памира, надев красные повязки смертников, на подмогу своим прибыли около 3000 киргизов. Убийства продолжалась около трех месяцев. В итоге с обеих сторон погибло около 4000 человек, оросительные каналы были забросаны тысячами трупов, но никто из основных организаторов событий осужден не был. Горбачев не сразу направил в регион части ВДВ из других районов СССР, которые смогли остановить кровопролитие. В СМИ СССР эти события практически не освещались.

     ЦК компартии Киргизии возглавлял бывший шахтер Апсамат Масалиев, которого Горбачев поставил руководить перестройкой в республике. Он сменил Турдукуна Усубалиева, выходца с севера, который руководил Киргизстаном 28 лет. В результате этих перестановок потребовались новые кадры. Руководить отделом науки ЦК компартии Киргизии стал А.Акаев, выписанный из Ленинграда. В дополнение к посту А.Акаев получил и мандат депутата ВС СССР, где выступал за проведение рыночных реформ и обновление СССР. Депутаты Верховного Совета Киргизии вызвали его из Москвы и 27 октября 1990 избрали президентом республики. Одним из первых шагов Акаева на этом посту стало урегулирование конфликта в Оше при участии президента Узбекистана Ислама Каримова. После кровавых событий в Оше благодаря демократу Чингизу Айтматову Горбачев 1991 даже предлагал ему занять пост вице-президента Советского Союза, но Акаев отказался. В августе 1991 он заявил, что не станет выполнять приказы ГКЧП, и получил единодушную поддержку демократов.