Деятельность компартии в Киргизии была запрещена, имущество конфисковано, страна провозглашена независимым государством Кыргызстан. 12 октября 1991 в ходе прямых президентских выборов Акаев, единственный кандидат, был переизбран на пост президента республики, а с февраля 1992г. по май 1993г. возглавлял правительство. В январе 1994г. его полномочия были подтверждены на референдуме. В 1994-м обострился конфликт между Акаевым и Верховным Советом республики, избранным еще до независимости. Когда оппозиционное большинство объявило о бойкоте заседаний, президент провозгласил парламент "самораспустившимся" и провел в октябре 1994 референдум об изменениях в конституции, которые позволили создать лояльный ему законодательный орган. Его сторонники одержали победу на парламентских выборах в мае 1995-го. А. Акаев, став президентом, первый визит совершил в США, подарив жене президента США Барбаре Буш золотое ожерелье с якутскими бриллиантами. Его встречали под гром артиллерийских залпов, расстелив красную ковровую дорожку. А КНР он подарил около 1000 кв.км территории своей страны, где были открыты залежи вольфрама, молибдена, золота, находились большие запасы воды и три российские погранзаставы. Межнационального мира не было, начались проблемы у русских и немцев. Необходимо напомнить, что в годы правления А. Акаева в Бишкеке прошла демонстрация, организованная демократами из Оша, с требованием, чтобы русские и немцы убирались из Киргизии. После этого начались моральное давление, иногда нападения, захваты квартир, грабежи, насилие. Президент порядка не наводил. В результате Киргизию покинула значительная часть русскоязычного населения. Предприятия промышленности разгромлены, пришло в упадок сельское хозяйство, распроданы склады с оружием. Безработица, смерть от голода. Зато республика превратилась в плацдарм неправительственных организаций стран Запада — было зарегистрировано около 5000 НПО; мировой рекорд, достойный книги Гиннесса.