Акаев был большим другом Ельцина. Видимо, поэтому в Киргизии появились памятник и улица Ельцина. Хотели назвать именем Ельцина даже гору, но передумали до лучших времен. Жена А. Акаева стала главным начальником отдела кадров республики, без ее согласия никто не назначался.

     В 1999 году в Киргизию вторгся авангард в 1500 афганцев, на подходе было еще 5500 боевиков для захвата страны. У Акаева и всего киргизского руководства началась паника: армии нет, мобсистема развалена, оружие распродано, командиров почти нет. Только помощь России помогла организоваться и выбить боевиков из Киргизии и спасти ситуацию. В марте 2002 был отдан под суд один из критиков президента Азимбек Бекназаров, а демонстрация протеста его сторонников в Джалал-абаде расстреляна. В 2000 году был арестован мэр Бишкека, генерал— майор МВД , потенциальный кандидат в президенты Ф. Кулов и приговорен к семи годам лишения свободы по обвинению в злоупотреблениях служебным положением в бытность министром национальной безопасности. Был освобожден из тюрьмы в результате народных волнений в марте 2005 года, в день свержения Аскара Акаева, причем освобождение Кулова было одной из главных целей "тюльпановой революции", как утверждали ее лидеры.

     Для своего укрепления и контроля за неспокойным югом чета Акаевых назначила премьер-министром с декабря 2001 года по май 2002 года К. Бакиева, но после отставки он перешел в жесткую оппозицию. В марте 2005 года в ходе очередных парламентских выборов, итоги которых оппозиция во главе с Бакиевым не признала. Помогали ему Роза Отумбаева, Бекназаров, все тот же Усен Садыков. В Киргизии произошла "тюльпановая революция", на которую американцы потратили всего 2 миллиона долларов, на которые Бакиев сверг А. Акаева и пришел к власти. А. Акаев успел сбежать в Россию. 4 апреля 2005 он встретился в Москве с парламентской делегацией Кыргызстана и подписал заявление об отставке с поста президента.