Еврейская энциклопедия ещё предполагает, что Иоанн III «из политических соображений не выступал против ереси. С помощью[С]харии он надеялся усилить своё влияние в Литве», а кроме того хотел сохранить расположение влиятельных крымских евреев: «князя и владетеля Таманьского полуострова Захарии де Гвизольфи» и крымского еврея Хози Кокоса, близкого к хану Менгли-Гирею
После Собора 1490 Зосима ещё несколько лет гнездил тайное общество, но был раскрыт и он, и в 1494 великий князь повелел ему, без суда и шума, как бы добровольно удалиться в монастырь. «Ересь, однако, не ослабела: одно время (1498) последователи её едва не захватили в Москве всей власти и ставленник их Димитрий, сын княгини Елены, был венчан на царство»
Отметим, что преодоление ереси «жидовствующих» дало толчок духовной жизни Московской Руси конца XV-начала XVI века, осознанию необходимости духовного просвещения, школ для духовенства, а с именем епископа Геннадия связано собирание и издание на Руси первой церковно-славянской Библии, ещё не существовавшей как единое собрание на Православном Востоке. С изобретением книгопечатания, «через 80 лет эта самая Геннадиева Библия… напечатана была в Остроге (1580-82 г.), как первопечатная церковно-славянская Библия, и тогда ещё опередившая этим своим появлением весь православный Восток»
Современная Еврейская энциклопедия напоминает «предположение, что резко отрицательное отношение к иудаизму и евреям в Московской Руси, неизвестное там до начала 16 в.», повелось от этой борьбы с «жидовствующими»