В эти века, с XIII по XVIII, в соседней Польше создавалась, росла и укреплялась в своём устойчивом быте крупнейшая еврейская община, которой предстояло основать массив будущего российского еврейства, к XX веку главной части еврейства мирового. С XVI века происходило «значительное переселение польских и чешских евреев» на Украину, в Белоруссию и в Литву

Есть легенда, что при взятии Полоцка в 1563, по жалобам русских жителей «на лихие дела и притеснения» от евреев, арендаторов и доверенных у польских магнатов, Иоанн IV приказал всем евреям тут же креститься, а отказавшихся, и будто ровно 300 человек, тут же, при себе, велел утопить в Двине. Но историки тщательные, как например Ю. И. Гессен, не только не подтверждают эту версию, хотя бы в ослабленном виде, но даже не упоминают о ней.

Зато он пишет, что при Лжедмитрии I (1605-06) евреи появились в Москве «в большом, сравнительно, числе», как и другие иностранцы. А после конца Смуты было объявлено, что Лжедмитрии II («Тушинский Вор») – «родом Жидовин»

После Смуты нахлынувшие за её время польско-литовские люди были в России ограничены в правах, и «польско-литовские евреи должны были в этом отношении разделять судьбу своих сограждан», которым запретили ездить с товарами в Москву и замоскворецкие города

«В годы правления Алексея Михайловича встречаются многие данные о пребывании евреев в России – в Уложении не содержится каких-либо ограничений относительно евреев… они имели тогда доступ во все русские города, включая Москву»

При Фёдоре Алексеевиче была попытка приказать: «Которые Евреяны впредь приедут с товары утайкою к Москве» – товаров их на таможне не принимать, ибо «Евреян с товары и без товаров из Смоленска пропускать не велено»

К ранним годам (1702) царствования Петра, в связи с его манифестом, призывающим в Россию искусных иностранцев, относится его при том оговорка о евреях: «Я хочу… видеть у себя лучше народов Магометанской и языческой веры, нежели Жидов. Они плуты и обманщики. Я искореняю зло, а не распложаю; не будет для них в России ни жилища, ни торговли, сколько о том ни стараются, и как ближних ко мне ни подкупают»