Как было объявлено в конце 1999 года, в связи с возросшей важностью антитеррористической деятельности из состава управления национальной безопасности планируется выделить отдельное управление по борьбе с терроризмом.

Управление общих уголовных расследований состоит из нескольких отделов, разбитых, в свою очередь, на секции. Всего в нем работает более 200 агентов и около 1000 административных служащих. Управление контролирует и координирует работу периферийных отделов ФБР по «разработке» различных партий, организаций и группировок, оппозиционных существующему строю. Кроме того, управление анализирует и обобщает опыт работы по обеспечению внутренней безопасности и дает соответствующие предложения и рекомендации. В состав управления входит созданная в 1995 году группа экстренного реагирования (Critical Incident Response Group), предназначенная для координации усилий в целях разрешения кризисных ситуаций, в первую очередь связанных с актами терроризма.

В структуре управления имеются также:

— отдел уголовных расследований, занимающийся раскрытием особо опасных преступлений против жизни и здоровья граждан, совершенных при отягчающих обстоятельствах, ограблений банков, преступлений на воздушном, морском и железнодорожном транспорте, мошеннических действий или вымогательства с использованием государственных документов, печатей, наименований федеральных ведомств и т. п., нарушений законов о приобретении, хранении и применении огнестрельного и холодного оружия;

— отдел по делам преступлений в области