Директор ФБР назначается на свой пост президентом США, при этом его кандидатура утверждается сенатом. Рекорд Джона Эдгара Гувера, занимавшего этот пост 48 лет, скорее всего, никогда уже не будет превзойден, поскольку в настоящее время срок пребывания в должности директора ограничен 10 годами. Директор ФБР имеет трех заместителей, каждый из которых осуществляет общее руководство несколькими управлениями, и 11 помощников (каждый руководитель самостоятельного управления или службы по своему статусу является помощником директора ФБР). Наиболее важные вопросы деятельности ФБР рассматриваются и решаются на заседании исполнительной конференции, которая созывается, как правило, раз в два месяца.

Штаб-квартира ФБР расположена в Вашингтоне. На территории США имеется также 56 отделов и около 400 отделений ФБР. В 24 городах США имеются специальные подразделения по борьбе с организованной преступностью.

По характеру решаемых задач управления ФБР делятся на три группы: группа подразделений расследования, группа вспомогательных подразделений и служба контроля, планирования и оценки. Группа подразделений расследования включает в себя:

— управление контрразведки (с 1994 года — управление национальной безопасности);

— управление общих уголовных расследований;

— управление специальных уголовных расследований. Управление национальной безопасности состоит из четырех отделов. 1-й, 2-й и 3-й отделы организуют и координируют в масштабах США мероприятия по «разработке» зарубежных учреждений и их персонала с целью выявления разведчиков и лиц из числа американцев и граждан других стран, подозреваемых в связях с зарубежными спецслужбами. 4-й отдел поддерживает контакты по контрразведывательным вопросам с полицией, ЦРУ и другими американскими правительственными ведомствами, а также с полицией и спецслужбами других стран. В отделе имеется специальная секция, руководящая деятельностью представителей ФБР в посольствах США в разных странах мира. Вопросы контрразведывательного характера за пределами США ФБР обычно решает с помощью ЦРУ. В 1996 году ФБР имело своих представителей атташе в 23 странах мира и планировало открыть еще 23 зарубежных представительства. 4 июля 1994 года открыто представительство ФБР в Москве.