Похоже, что и «укорение» скопцом Адреяном всей церкви идет от богомилов. На Руси были широко в ходу антибогомильские болгарские сочинения, как «Беседы трех святителей» или «Беседы пресвитера Косьмы». Не похоже, впрочем, что Никита впал в богомильскую ересь, поскольку богомилы не признавали святости большинства книг Ветхого Завета, а в Новом Завете наибольшее значение для богомилов имели Евангелие от Иоанна и Апокалипсис. Впрочем, существует более поздняя икона московского письма «Покровители русского воинства свв. Сергий Радонежский и Никита Новгородский», где Никита с бородой. Наверное, не смог иконописец смириться с таким нарушением – безбородый архиерей.

Так или иначе, но после воцарения в Киеве князя Святополка Изяславовича в 1093 г. Никита вновь вернулся к активной жизни и вошел в ближайший княжеский круг. Отметим, что среди иерархов, молившихся за Никиту, был черниговский владыка Феодосий, вместе с Святополком Изяславовичем, сыгравший решающую роль во время борьбы Мономаха против князя Олега за Чернигов. Наверное, неслучайно, Никита был поставлен епископом Новгородским в 1096 г. в старую вотчину князя, которому он предсказал княжение. Скорей всего Никита принимал участие в съезде в Любече в 1097 г., где уцелевшие в кровавой гражданской войне наследники Ярослава целовали крест и клялись в «устроении мира». Никита проявил себя мудрым государственным мужем, рачительным хозяином и хорошим пастырем. На фоне кровавой истории княжеских междоусобиц он остался в памяти народной светлым образом Богосвята, чудотворца и врачевателя милостью Божией, доброго, милосердного верующего человека. Его почитали святым уже в XII в. О Никите преподобный Поликарп, архимандрит Печерского монастыря (1164 – 1182), в связи с его избранием на кафедру Новгородскую, говорит:

много чудеса сотвори… и ныне со святыми чтут святого и блаженного Никиту.