Война со Швецией 1788–1790 годов была его первым военным поприщем. По возвращении из Финляндии он был произведен в подпоручики и назначен полковым адъютантом. Мирные служебные занятия, рассеянность и удовольствия шумной, блестящей столицы не удовлетворяли сердца юноши, грезившего желанием битвы. Тогда продолжалась еще вторая война с Оттоманскою Портою, и Коновницын одолевал своего отца просьбами о дозволении перейти в действовавшую армию против турок. Отец долго сопротивлялся, но в конце концов уступил желаниям сына. В июне 1791 года Потемкин перевел юного Коновницына премьер-майором в армию, а через два месяца произвел его в подполковники с назначением своим генеральс-адъютантом от Черноморского флота. По прибытию Коновницына в армию военных действий не происходило. Вскоре умер Потемкин и был заключен Ясский мир. После подписания мира Коновницын перешел в армию, назначенную действовать в Польше, командиром Старооскольского мушкетерского полка. Первым отличием его было разоружение польского Ланцкоронского полка при Баре, за что был он награжден чином полковника, а за отличия в боях под Хельмом и Слонимом – орденом Святого Георгия 4-й степени. В сентябре 1797 года Коновницын был произведен в генерал-майоры и назначен шефом Киевского гренадерского полка, а 12 марта следующего года – шефом Углицкого полка, но 2 ноября того же года он был отставлен от службы и поселился в небольшом своем имении в Гдовском уезде, где в уединении провел восемь лет, посвятив их образованию. Коновницын читал множество книг по всем отраслям человеческих знаний, переводил, делал выписки, рисовал военные чертежи, излагал мысли свои на бумаги. Он так сроднился с сельской жизнью и наукой, что уже считал свою военную службу законченной. Неожиданно для него вышел манифест императора Александра, обнародованный 30 ноября 1806 года, о составлении временного Земского войска.