Коновницын явился в столицу, и по желанию С. – Петербургского дворянства принял командование Земским войском Петербургской губернии, быстро наладил дела, и отправил в армию несколько батальонов. За свой неутомимый труд был награжден орденом Святой Анны 1-й степени, и император изъявил желание, чтобы Коновницын поступил в действительную службу. Приказом от 25 ноября он был назначен в свиту императора по квартирмейстерской части. С той поры началось особое благоволение, каким Александр I всегда удостаивал Коновницына. В январе 1808 года он был назначен дежурным генералом армии, которая под начальством графа Буксгевдена должна была занять Шведскую Финляндию. Звание дежурного генерала было тогда чрезвычайно важно, составляя сосредоточие всех частей армейского управления, артиллерийского, инженерного, строевого, комиссариатского, провиантского и генерального штаба. В этом непростом звании Коновницын вполне оправдал доверие государя. Русские войска вступили в Шведскую Финляндию 9 февраля 1808 года, и, действуя в сильные холода, ни в чем не нуждались. Стараниями Коновницына они всегда были обеспечены продовольствием, теплой одеждой, снаряжением, отеческой заботой раненых в госпиталях. Коновницын непосредственно участвовал и в военных действиях – при покорении крепости Свартгольма и потом при бомбардировании Свеаборга. Получив ключи от Свартгольма и Свеаборга, император Александр наградил Коновницына чином генерал-лейтенанта и табакеркой с алмазами и своим вензелевым именем. Падение Свеаборга не поколебало решимости шведского короля Густава Адольфа – он упорно оборонял Финляндию и весной 1809 года производил высадки десантов на финляндские берега. Коновницын руководил отражением первого шведского десанта, высаженного на берег при Лемо, в 32 верстах от Або, а 22 июля даже участвовал в морском сражении, не допустив высадку десанта на остров Рунсало.