Ожидая близкой кончины Бориса, Романовы стали открыто готовиться к возобновлению борьбы за трон. Они собрали на своем подворье вооруженные отряды из всех своих укрепленных городков и вотчин. Их холопы распространяли в столице и за рубежом слухи о болезненности и слабоумии Федора Годунова. При таких условиях у малолетнего наследника Бориса не оставалось почти никаких шансов на то, чтобы удержать трон после смерти отца.
Бояре Романовы готовы были пустить в ход любые средства, чтобы ускорить падение Годуновых. Вполне подверженные суевериям своего времени, они втайне подумывали «извести» царскую семью с помощью колдовских чар. Среди слуг Романовых нашелся человек, который предупредил Бориса о грозившей ему опасности. То был дворянин Бартенев, служивший казначеем у Александра Романова. Дворянин сообщил, что Романов велел ему хранить в казне волшебные коренья, предназначенные для «порчи» царской семьи. Для расследования измены Боярская дума составила особую комиссию во главе с окольничим Михаилом Салтыковым. После того как стрельцы заняли романовское подворье, Салтыков произвел там обыск и обнаружил некие корешки. Донос полностью подтвердился. Найденные улики были доставлены на патриарший двор, где собрались Боярская дума и высшее духовенство. В присутствии их царь велел Салтыкову раскрыть принесенные мешки и «корение из мешков выкласти на стол».
В Боярской думе у Романовых нашлось много противников. Во время разбора дела бояре, по словам близких к Романовым людей, «аки зверие пытаху и кричаху». Будучи в ссылке, Федор Романов с горечью говорил: «Бояре-де мне великие недруги, искали-де голов наших, а ныне-де научили на нас говорити людей наших, а я де сам видел то не одиножды».
Братьев Романовых обвинили в тягчайшем государственном преступлении – покушении на жизнь царя. Наказанием за такое преступление могла быть только смертная казнь. Но Борис избегал проливать кровь. Старшего из Никитичей, Федора, который был главным претендентом на трон, заточили в монастырь. Вышло так, что монашеский куколь спас жизнь Федору Романову, но отнял у него шансы на обладание троном.