Воевода отправился в поход в сопровождении многочисленного «двора» и с огромным обозом продовольствия, собранного в собственных вотчинах. В подчинении Богдана находилось три тысячи дворян, стрельцов и казаков. Всю эту армию воевода щедро жаловал деньгами и платьем, поил и кормил из своих запасов. Он добивался популярности и достиг цели: слухи о его щедрости распространились по Москве, и ратные люди повсюду хвалили его.

Забыв об осторожности, Бельский без всякого уважения отзывался о Борисе. «Пусть Борис Федорович царствует на Москве, – заявлял он, – а я теперь царь в Цареве-Борисове». Служивые иноземцы поспешили донести о крамольных речах в столицу. Правительство переполошилось, отозвало Бельского из армии и отдало его под суд. После допроса свидетелей суд признал его виновным. Бельский избежал тюремного заточения и казни. Но для него изобрели наказание особого рода. «Мятежника» выставили к позорному столбу и лишили чести, выщипав волосок за волоском всю его длинную бороду. Богдан Бельский лишился думного чина и отправился в ссылку в Нижний Новгород. Знать со злорадством наблюдала за унижением бывшего опричного временщика.

Еще до коронации Бориса за рубеж стали поступать сведения о его тяжелой болезни. Один современник Бориса метко заметил, что тот царствовал шесть лет, «не царствуя, но всегда болезнуя». Врачи оказались бессильны поправить его здоровье, и царь искал спасения в молитвах и богомольях. В конце 1599 года он не смог своевременно выехать на богомолье в Троицу, и его сын собственноручным письмом известил монахов, что батюшка его «недомогает». К осени 1600 года здоровье Бориса резко ухудшилось. Один из членов польского посольства, находившегося в Москве в то время, замечает, что властям не удалось утаить от всех болезнь царя и в городе по этому поводу поднялась большая тревога. После обсуждения создавшейся ситуации в Боярской думе Бориса по его собственному распоряжению отнесли на носилках из дворца в церковь, чтобы показать народу, что он еще жив.