Однако какой бы удачной ни была карьера Е. К. Смысловского в РККА, он был для большевиков представителем русского офицерства, «бывшим человеком», аристократом с чуждой ментальностью. Всерьез Евгению Константиновичу не доверяли никогда, и его дважды арестовывали чекисты. Первый раз это произошло в августе 1920 г. Как отмечает украинский историк Ярослав Тинченко, «несмотря на значительное усиление хорошо подготовленным кадровым составом, в августе 1920 г. РККА потерпела тяжелое поражение под Варшавой. Вновь, как и год назад, начались массовые аресты военспецов, на сей раз — с польскими фамилиями. Самое интересное, что хватали всех без разбора, не особо считаясь с тем, поляк ли данный задержанный по происхождению, или нет. Еще более странно это выглядело, если учесть, что в русской армии поляки-католики не принимались в Академию Генерального штаба. Те же поляки, которые окончили академию, были либо православными, либо лютеранами, и уже поляками не считались… Но для большевиков такое понятие, как вероисповедание, не существовало.
В результате в течение августа 1920 г. были схвачены бывший генерал от инфантерии В. Н. Клембовский, помощники начальника Всероглавштаба бывшие генералы К. И. Рыльский и А. И. Мочульский, начальник оперативного управления генерал В. И. Левитский, сотрудник Артиллерийского управления генерал Е. К. Смысловский. Дошло до абсурда: был схвачен инспектор инженеров РККА, прославленный генерал К. И. Величко, происходивший из старинного украинского рода. Всем им предъявили традиционные обвинения: вредительство, предательство и шпионаж в пользу противника. Причем на плечи перечисленных генералов была переложена еще и неудача похода войск Тухачевского в Польшу»