В 1840 году Пирогов занял кафедру в медико-хирургической академии и организовал учреждение госпитальных клиник для кончающих курс студентов и молодых врачей. Многочисленны были препятствия для деятельности Пирогова. Чтобы судить о них, достаточно сказать, что главный врач военно-сухопутного госпиталя «на настойчивые требования об улучшении гигиенических условий госпиталя и существовавших порядков относительно ухода, содержания и продовольствия больных, серьезно заподозрил Пирогова в помрачении его умственных способностей, о чем «конфиденциально» и довел до сведения бывшего военного министра».
Учреждение анатомического театра при академии — тоже дело Пирогова; проект его не без жестокой борьбы был утвержден, и знаменитый хирург вывез из-за границы молодого прозектора — Грубера, который до сих пор работает на пользу науки, в академии.
Кто не знает деятельности Н. И. Пирогова в Севастополе? Но едва ли кто поверит, что, когда Пирогов «сам себя предложил к услугам осады, он только после значительных хлопот добился разрешения отправиться в Крым», и, главным образом, благодаря участию в этом деле покойной великой княгини Елены Павловны.
Порядки, которые нашел Пирогов на театре войны, приводили его в ужас. «Страшное это время! Его нельзя забыть до конца жизни!» — говорил Пирогов, понимая, что люди гибнут не столько от ран и болезней, сколько от недостатков администрации и от злоупотреблений. «О том, что мы не были приготовлены к войне — это уже теперь не государственная тайна, — писал в предисловии к своей «Общей военно-полевой хирургии» Пирогов. — В декабре 1855 года дошло до того, что наших раненых и больных (число которых сильно увеличилось от эпидемии) нужно было отправлять при 20° Р за 400–500 и даже 700 верст.