Можно ли забыть, что наши надзиратели, инспекторы и директоры покуда всё-таки остаются теми же чиновниками-воспитателями, как и прежде, — одни из них завалены письменными делами дирекции, а другие, исполняя неисполнимые обязанности нравственного надзора за 500–600 учениками, поневоле ограничиваются одной официальностью? Не ясно ли для всякого, кто любит смотреть правде в глаза, что мы вводили наши правила, убежденные опытом в вопию­щих недостатках общественного воспитания и воспита­телей».

Так отвечал чуткий ко всякой правде на упреки, вы­званные сердечной болью в лучших деятелях литературы того времени, при виде стеснений, препятствующих такой благородной личности, как Пирогов, провести свои мысли в дело и заставивших его по необходимости, скрепя сердце, сделать уступки большинству, чтобы спасти любимое дело…

По словам автора брошюры, «в Киеве выпали на долю его новые затруднения и столкновения. Пирогов отстаивал, с свойственной ему энергией, свой коренной принцип, по которому попечитель обязан оказывать на учащих и учащихся одно лишь нравственное давление и быть охранителем закона в университете». Но все до­воды были напрасны. Он должен был оставить попечи­тельство — и уехал в свое имение. Вскоре он был выбран в мировые посредники.

Во время управления министерством А. В. Головни­ным, Пирогов снова был призван к деятельности, коман­дирован за границу для руководства молодых ученых, которых посылало министерство народного просвеще­ния… Общественная деятельность Пирогова оконча­тельно была прервана вступлением в министерство графа Д. А. Толстого. Семнадцатого июня 1866 года он «освобождал Пирогова от возложенных на него поруче­ний». В качестве ученого он работал попрежнему, был приглашаем обществом Красного Креста на театр воен­ных действий, и теперь, чествуемый торжественно, как знаменитый ученый и независимый человек, может иметь хоть слабое утешение в общественной признательности интеллигенции.