В 1876 г. семья Вернадских возвращается в Санкт — Петербург, где Володя и окончил гимназию в 1881 г. В этом году он с большим увлечением изучал книги А. Гумбольдта «Космос» и «Картины природы» на немецком языке. Иностранные языки легко давались любознательному юноше. Впоследствии многие поражались его хорошему знанию украинского и всех других славянских языков, а также французского, английского, немецкого и скандинавских языков.

После окончания гимназии Владимир Иванович сомневался в выборе дальнейшего пути: его одинаково влекли как естественные науки, так и исторические, но он был уверен, что его будущее обязательно будет научным.

В 1881 г. он поступает на естественное отделение физико — математического факультета Санкт — Петербургского университета, причем посещает лекции и на других факультетах.

Университет в эти годы был средоточием цвета русской мысли: Д. И.Менделеев, В. В.Докучаев, Н. А.Меншуткин, А. Н.Бекетов, А. С.Фаминцын, Н. П.Вагнер, И. М.Сеченов, А. М.Бутлеров, А. И. Воейков и др.

Особый след в душе Владимира Ивановича оставили Д. И. Менделеев и В. ВДокучаев, ставший его научным руководителем.

С большим интересом он относился к теоретическим познаниям и к полевым исследованиям, проходившим под руководством В. В Докучаева. Участвуя в Нижегородской экспедиции, Вернадский обследует не только почвы, но и геологические обнажения. Статья о них явилась первой из более 700 научных публикаций ученого.

В университете Вернадский и его товарищи, придерживающиеся одинаковых прогрессивных взглядов, создали кружок, который впоследствии возвели в ранг «братства». Его правила были:

1. Работай как можно больше;

2. Потребляй (на себя) как можно меньше;

3. На чужие беды смотри как на свои.

Единомышленники «братства» — Андрей Краснов, Федор и Сергей Ольденбурги, Дмитрий Шаховской, Александр Корнилов — стали друзьями с Владимиром Ивановичем навсегда, весь их жизненный путь был пройден в тесном общении, взаимной помощи и участии.