В годы Великой Отечественной войны академические институты были эвакуированы в Среднюю Азию и Казань, а ряд академиков, и среди них В. И. Вернадский, — в Казахстан, в Боровое. Здесь неожиданно, почти внезапно, 3 февраля 1943 г. уходит из жизни Наталья Егоровна, его жена, верный друг и соратник, которой он посвящает книгу «О состояниях пространства в геологических явлениях на фоне роста науки XX столетия». Эта работа была напечатана только через 35 лет после смерти ученого и весьма незначительным тиражом.

Стоически перенес Владимир Иванович эту тяжелую утрату, но внешне его жизнь остается прежней. Он продолжал напряженно работать, как будто конца жизни вовсе не существует.

12 марта 1943 г. ему исполнилось 80 лет. Он категорически отказался от торжественных чествований, которые хотели организовать его коллеги. В приветствии от академического коллектива есть такие слова: «Ваше научное творчество охватывает почти целую Академию: кристаллограф, минералог, почвовед, химик, биолог, историк науки — Вы в каждой из этих дисциплин создали нечто новое, своеобразное, возбуждающее пытливость исследователя…

Мы преклоняемся перед Вашим непоколебимым оптимизмом. В самые тяжелые дни Отечественной войны Вы, Владимир Иванович, утверждали, что в XX веке проповедующий дикие идеи средневековья никогда не может иметь успеха, что фашизм обречен на гибель, что разум, добро и справедливость должны победить и восторжествовать. И в эту зиму предвидение Ваше начало осуществляться. Будем, как и Вы, Владимир Иванович, верить, что с уничтожением фашизма человечество начнет жить в ноосфере, в области разума».