По официальным данным, в ФЭПе работает около 60 сотрудников (включая региональные отделения). Если принимать в расчет все структуры, созданные ФЭПом и функционирующие под его руководством, число сотрудников увеличится в несколько раз.

Фонд эффективной политики изначально специализировался на политическом консультировании, избирательных технологиях и работе со СМИ. В настоящее время к этому прибавилась разработка глобальных информационных проектов.

Первым проектом ФЭПа стало участие в избирательной кампании «Конгресса русских общин» на парламентских выборах 1995 года. В работе с КРО ФЭП главным образом занимался проведением скрытой агитации за блок и его лидеров. ФЭП также занимался раскруткой лично Юрия Скокова. В свете итогов думской кампании для КРО участие фонда в выборах вряд ли можно назвать удачным. Однако об этом опыте ФЭПа сейчас мало кто вспоминает.

На президентских выборах 1996 года ФЭПа входил в число имиджмейкерских и консалтинговых структур, работавших на переизбрание Президента РФ Бориса Ельцина. В «президентской» команде специалисты Фонда отвечали за работу со СМИ, а также занимались разработкой аналитических материалов для ключевых деятелей президентской кампании.

Весной 1999 года ФЭП сотрудничал со структурами Владимира Гусинского, главным образом, в области создания и поддержания интернет-проектов.

Основным содержанием деятельности ФЭПа в 1999 году стало участие в избирательных кампаниях. С середины года Фонд активно участвовал в думской кампании «Союза правых сил». В рамках данного сотрудничества ФЭП осуществлял информационно-аналитическую поддержку, разрабатывал и поддерживал «сетевые» проекты СПС. Помимо этого, ФЭП принимал самое активное участие в мэрской кампании Сергея Кириенко в Москве. Вместе с ФЭПом работал Марат Гельман, инициатор всех громких культурных проектов кампании Кириенко, кульминацией которых стало проведение альтернативного праздника «Дня города», так называемой «Неофициальной Москвы».