Одновременно шло сотрудничества ФЭПа и персонально Глеба Павловского с Администрацией Президента РФ. Главным образом, оно заключалось в консультациях по текущему политическим вопросам и выработке стратегии действий Кремля в обстановке приближающихся выборов в парламент и президентской кампании. По неофициальной информации, Павловский стал вхож в Кремль через Валентина Юмашева.

Помимо этого, в Администрацию Президента РФ ФЭП поставлял свои информационно-аналитические разработки, содержащие анализ и оценку материалов, опубликованных за неделю в федеральных и региональных средствах массовой информации и прямо или косвенно затрагивающих интересующую Кремль тематику. В этом смысле ФЭП позиционирует себя как центр анализа информационно-политического поля для президентских структур.

В рамках сотрудничества с Кремлем ФЭП принимал непосредственное участие в подготовке парламентских выборов 1999 года, работал над формированием блока «Медведь». Позже Павловский назовет себя идеологом «Единства», что не вполне соответствовало действительности. Говорили, что и идея создания «Центра стратегических разработок» принадлежала Павловскому, которого даже прочили в его руководители. Хотя эти сообщения не подтвердились, специалисты ФЭПа очень активно работали и продолжают работать в Центре стратегических разработок (ЦСР) Германа Грефа. В частности, в здание на Якиманке был откомандирован Максим Мейер.

Активное участие ФЭП принимал и в подготовке выборов Президента РФ в марте 2000 года, после удачного завершения которых Павловский окончательно закрепил за собой статус «серого кардинала Кремля».

Отдельным направлением работы ФЭПа являются, как мы уже упоминали, интернет-проекты. Вообще, фонд стал одной из первых в России структур, профессионально занявшейся разработкой, созданием и поддержанием интернет-проектов, а, кроме того, обеспечивающей их высокий содержательный уровень.