Программой действий для генерал-прокурора стал указ Елизаветы Петровны от 16 августа 1760 года, в котором она поручала Сенату содействовать ей в восстановлении в государстве «надлежащего порядка, правосудия, благосостояния и обильного добра». Более близкое знакомство Я. П. Шаховского с судебными местами убедило его в том, что они погрязли в злоупотреблениях. Он писал: «Несытая алчба корысти дошла до того, что некоторые места, учрежденные для правосудия, сделались торжищем лихоимства, пристрастие — предводительством судей, а потворство и упущение — ободрением беззакония».

Он признавался, что чувствовал себя путешественником, который с «надлежащей большой дороги загнан в болото, наполненное тиною и трясиною, из коего не дорогами, но наудачу, то по колено, то глубже увязая, потеряв силы и отчаясь на твердый берег выйти, близко погибель свою ощущает».

Императрица Елизавета Петровна ценила Шаховского, была милостиво расположена к своему генерал-прокурору, лично принимала доклады и часто вставала на его сторону.

25 декабря 1761 года новый император Петр III отправил Шаховского в отставку, и некоторое время тот «оставался не у дел». Короткое царствование Петра III закончилось дворцовым переворотом, и на российском престоле оказалась Екатерина II. Она вновь призвала Шаховского на службу, назначив сенатором. В день своей коронации императрица пожаловала ему орден Святого Андрея Первозванного.

Яков Петрович часто сопровождал молодую императрицу в поездках по России, причем нередко сидя с ней в одном экипаже. В пути он много говорил о деяниях Петра Великого и затеянных им преобразованиях. В одной из таких поездок он как-то вспомнил, что по замыслу Петра I один из сенаторов должен каждый год объезжать губернии и ревизовать тамошние дела, вскрывать злоупотребления и лихоимство. Эта идея понравилась Екатерине II. Тогда Шаховской тут же вызвался лично произвести такую проверку в городах, которые они проезжали, и осуществил свое намерение в Ярославле, Ростове и Переславле-Залесском, чем привел в трепет местные власти.