Московские враги Шаховского подкупили комиссара госпиталя, и он накануне приезда столичного курьера действительно перевез в пивоварню три десятка больных и прачек. Безобразов во исполнение приказа усадил их на подводы и привез в дом Якова Петровича, предъявив письмо начальника Тайной канцелярии. Шаховскому ничего не оставалось, как распахнуть свои покои, а самому перебраться в маленькую каморку. Будучи человеком негневливым, он все обратил в шутку, а через некоторое время ему удалось оправдаться перед императрицей. Комиссар же, мучимый угрызениями совести, вскоре наложил на себя руки.

15 августа 1760 года Яков Петрович становится генерал-прокурором и одновременно конференц-министром. Узнав о назначении на новую должность, он воскликнул: «В оном чину наиглавнейших злодеев иметь буду». И он не ошибся. Менее полутора лет служил на этом посту честный, бескорыстный и неподкупный прокурор, пользовавшийся репутацией «строгого законника» и пристально следивший за тем, чтобы в государственных учреждениях все «чинилось порядочно и по указам», имел немало острых стычек с приближенными к императрице сановниками. Он сразу же потребовал от обер-секретаря отчета о рапортах, присылаемых из присутственных мест, о производящихся там делах и расходовании денежных средств. Канцеляристы оказались в растерянности, поскольку донесения с мест, несмотря на «понуждения», поступали нерегулярно, а некоторые их вообще не направляли.

Чаще других игнорировала эти указания экспедиция по переделке медных денег, которой руководил граф Шувалов. Получив запрос, граф приехал в Сенат и в раздражении спросил, кто посмел прислать ему «понуждение», а потом обвинил генерал- прокурора в том, что тот причиняет ему неприятности. Шаховской же ответил, что пытается пресекать только «противозаконные поступки» Шувалова, основанные на личных выгодах и корысти. Разгневанный Шувалов расстался с ним еще большим врагом, чем был прежде.