До 1800 года он оставался сенатором, выполняя различные поручения, в числе которых была поездка в Могилевскую губернию, где он разбирался с жалобой некоего Зорича. Затем был уполномоченным в Белоруссии по борьбе с голодом и получил после возвращения чин действительного тайного советника и почетный командорский крест Мальтийского ордена. Вновь возглавлял Коммерц-коллегию, был государственным казначеем и членом Императорского совета. В 1801 году ему был вручен орден Святого Александра Невского. В 1801–1802 годах командирован в Калугу для производства следствия о злоупотреблениях губернатора Лопухина.

8 сентября 1802 года император Александр I подписал Манифест, в котором сообщалось: «Мы заблагорассудили разделить государственные дела на разные части, сообразно естественной связи между собою, и для благоуспешнейшего течения поручить оные ведению избранным министрам…» В тот же день последовал высочайший указ Правительствующему сенату: «Министром Юстиции или Генерал-Прокурором повелеваем быть Действительному Тайному Советнику Державину, предоставляя впредь назначить ему Товарища». Спустя несколько дней Державин был приведен к присяге. В конце сентября он одновременно стал членом Непременного совета, а в ноябре того же года еще и членом Еврейского комитета.

В должности министра юстиции беспокойный Гаврила Романович прослужил один год и, как сам писал, всегда шел «по стезе правды и законов, несмотря ни на какие сильные лица и противные против него партии», «держась сильно справедливости, не отступал от нее ни на черту, даже в угодность самого императора». Он действительно не стеснялся открыто выражать свое несогласие со многими его преобразованиями, резко и открыто порицал молодых советников императора.