Стефан Вонифатьев вернулся к юному царю, который с громадной свитой уже сам отправился в Успенский собор, где патриарх Иосиф должен был короновать его «по чину венчания прежних царей». И снова впереди пошел протопоп Стефан Вонифатьев, кропя царский путь.

После коронования под приветственные клики своих подданных, осыпаемый золотыми деньгами, царь в тяжелом облачении, уже со скипетром и державой в руках стал обходить кремлевские соборы. В Архангельском он поклонился гробу своего отца, могилам всех русских великих князей и царей, в Благовещенском выслушал поучение протопопа Стефана Вонифатьева.

Безвестный доселе Вонифатьев начинает играть очень заметную роль, ибо он духовник царя.

Историк Ключевский писал, что одной ногой Алексей Михайлович еще крепко упирался в родную православную старину, а другую уже занес было за ее черту… Главный воспитатель его Борис Иванович Морозов смело вводил в царский обиход западную новизну. Духовные наставники воспитывали царя в строгом благочестии, и о тонкостях церковной службы он мог поспорить с любым знатоком.

Стефан Вонифатьев приохотил молодого царя к чтению назидательных книг, докладывал ему о всех церковных делах и знакомил с людьми, которые добивались укрепления церковного порядка и распространения благочестия в народе. Так постепенно сложился кружок ревнителей благочестия, в который входили и сам царь, и его духовник Стефан, и нижегородский поп Иван Неронов, и молодой, но влиятельный царский постельничий Федор Михайлович Ртищев, и, наконец, Никон.

Никон был некрасив, но отличался величественностью и красноречием. Он увлекал царя и его духовника страстными речами и рассказами о своей необычной судьбе. Перебравшись в Москву по приглашению купцов, Никита Минин похоронил всех своих детей, уговорил жену постричься в монастырь, а сам удалился в Анзерский скит на Белое море и тоже постригся в монахи под именем Никона. Властный инок не ужился с братией и покинул обитель.