Еще он задумал усилить авторитет правительства Лхасы в Кхаме. Он понимал, что из-за отдаленности от Лхасы Кхам практически игнорируется центральной администрацией. Поэтому он предложил, чтобы сыновья местных вождей приезжали учится в Лхасу, а затем посылались обратно, получив правительственные посты. Он хотел также поощрить местный призыв в армию. Но, к сожалению, вследствие инерции ни один план не был осуществлен.

Политическая интуиция Тринадцатого Далай Ламы тоже была поразительной. В своем последнем письменном завещании он предостерегал, что если не произойдет радикальных перемен, "может случится, что здесь в Тибете религия и правительство будут атакованы и извне, и изнутри. Если мы не защитим нашу страну, может случиться, что Далай Лама и Панчен Лама — отец и сын — и все почитаемые защитники веры исчезнут и станут безымянными. Монахи и монастыри будут уничтожены. Власть закона ослабеет. Земли и имущество членов правительства будут захвачены. Их самих заставят служить своим врагам или блуждать по стране, как нищих. Все будут ввергнуты в великие бедствия и всеподавляющий страх, медленно будут тянуться дни и ночи, полные страданий" В этом тексте упомянут Панчен Лама, самый высокий после Далай Ламы духовный авторитет в тибетском буддизме. По традиции, их резиденция находится в Шигадзс, втором по величине городе Тибета.

Сам Тринадцатый Далай Лама был очень простым человеком. Он отверг многие старые обычаи. Например, было принято, что когда Далай Лама выходил из своих покоев, всякий слуга, случайно оказавшийся поблизости, должен был немедленно удалиться. Далай Лама сказал, что эта процедура доставляет людям ненужное беспокойство и отбивает у него всякое желание выходить. Поэтому он отменил это правило.