В целом именно Шахт заложил основы германской военной промышленности, которая позволила Германии вести мировую войну. Несмотря на то что в публичных выступлениях Шахт выступал с поддержкой курса Гитлера, он осуждал карательную политику НСДАП, а также отстранение от власти представителей армейской элиты и финансовой аристократии. В сентябре 1936 г., после назначения Г. Геринга руководителем Управления по четырехлетнему плану Шахт во многом был вынужден уступить свои функции по руководству военной экономикой. Считал четырехлетний план невыполнимой задачей. После того как Гитлер не прислушался к его мнению, Шахт обратился к фюреру с просьбой передать руководство экономикой в руки Геринга и ему позволить уйти в отставку. В августе 1937 г. в Оберзальце вновь потребовал отставки, которой воспротивился Гитлер. Был достигнут компромисс — 5 сентября Шахт ушел в отпуск, а 26 ноября заменен на посту министра экономики В. Функом. По настоянию Гитлера Шахт остался в составе правительства в качестве имперского министра без портфеля и сохранил пост президента Имперского банка. В 1938 г. после аншлюса Австрии руководил конфискацией средств Австрийского национального банка и включением банковской системы Австрии в общегерманскую. 07.01. 1939 г. направил Гитлеру письмо, в котором указывал на то, что курс, проводимый правительством, приведет к краху финансовой системы Германии и гиперинфляции, и потребовал передачи контроля за финансами в руки Имперского министерства финансов и Имперского банка. 20.01. 1939 г. заменен на посту президента Имперского банка Функом, но за ним сохранен пост министра без портфеля. В сентябре 1939 г. резко выступил против планов войны с Польшей и даже пытался оказать давление на командование армией. После начала войны с СССР стал еще более критично относиться к режиму. 30. П. 1942 г. направил Гитлеру резкое письмо с критикой режима, заявив, что Германия проигрывает войну, после этого 22.01. 1942 г. был отправлен в отставку с поста имперского министра.