Началась служба, как водилось на Дону. Отец Емельяна Иван Михайлович вышел в отставку, и он занял его место. Шел ему тогда восемнадцатый год. А через год, 18 лет, молодой казак женился. Суженой его стала Софья — дочь Дмитрия Недюжева, казака Есауловской станицы. Женщина тихого нрава, покорная и слабая, она очень любила своего Емельяна. Уже через неделю после замужества провожает его в действующую армию. Разлука была горькой.
Казачья команда, в составе которой предстояло воевать Пугачеву, быстрым маршем направилась в Пруссию. Шла Семилетняя война менаду Россией и королевством Фридриха II, начавшаяся несколько лет назад. По прибытии на фронт донцы попали в состав корпуса графа З.Г. Чернышева, имя и звание которого Пугачев впоследствии присвоит И.Н. Чике-Зарубину, одному из смелых и энергичных своих сподвижников.
Года два провел Емельян на фронте. Участвовал в нескольких сражениях, отличился. Несомненно, он обратил на себя внимание смелостью и неустрашимостью, большой расторопностью. Илья Федорович Денисов, полковник, командир пятисотенного отряда донцов, «за отличную проворность» взял Пугачева в ординарцы. Но, как скажет позднее А.С. Грибоедов, «минуй нас пуще всех печалей и барский гнев и барская любовь» — однажды в суматохе ночного боя ординарец упустил одну из лошадей начальника, и его гнев не замедлил обрушиться на Емельяна. По приказу командира провинившегося нещадно бьют плетью. Несомненно, эта жестокость и несправедливость запали в душу горячего и вольнолюбивого казака.
Война скоро закончилась. Смерть (в 1761 году) русской императрицы Елизаветы Петровны, дочери великого Петра, сделала императором ее племянника Петра III Федоровича, ничтожного внука «северного властелина». Крайне ограниченный, бывший голштинский герцог, с восторгом принимавший прусскую военную систему с ее муштрой и бездушием, став во главе огромной империи, сразу же прекратил войну с любимым его сердцу прусским императором. Фридрих II, не раз терпевший жестокие поражения от русских войск, взявших в 1760 году Берлин, помышлял даже о самоубийстве. Но судьба переменчива — Россия в мгновение ока из врага превратилась в союзника. Русские войска уходят из Пруссии на свои квартиры.