Пугачев возвращается домой. Три года войны дали ему немало. Он повидал белый свет, побывал в русских, украинских и белорусских городах и селениях. В Польше увидел Торунь, Познань и Кобылин. Боевой опыт участника ряда сражений пригодится ему впоследствии. К тому же не тронули его ни пуля, ни сабля. «Ничем не ранен» (его слова), он прибыл в Зимовейекую к жене. Прожил здесь года полтора, стал отцом — у него родился сын Трофим. Но скоро, в 1764 году, снова объявили службу — в составе казачьего отряда Елисея Яковлева Пугачев оказывается в знакомой ему Польше. На этот раз предстояли дела не военные, менее опасные, но малоприятные — нужно было ловить беглых русских старообрядцев в приднепровских раскольничьих скитах и слободах, возвращать их в Россию. Эта служба столкнула Емельяна со старообрядцами, сыгравшими потом немалую роль в его судьбе. Донская команда выловила много беглых. Их привели в Чернигов. Отряд распустили, и Пугачев снова дома, на этот раз года три или четыре.

Время, в которое жил Пугачев, было богато войнами. Славу русскому оружию добывали солдаты Суворова и Румянцева, моряки Ушакова и Спиридова… Шесть лет спустя после войны с Пруссией начинается война с Турцией. Пугачева зачисляют в команду полковника Ефима Кутейникова. Два года он служил в действующей армии, в составе войск П.И. Панина — будущего душителя Пугачевского восстания. Опять Емельян участвует в сражениях, в том числе под Бендерами, снова проявляет «отличную проворность» и храбрость. Пугачев получает за воинские заслуги чин хорунжего — младший офицерский чин у казаков.

Боевой казак, ставший офицером, вероятно, выделялся среди однополчан не только храбростью на поле боя. Чувствуется, что и в кругу товарищей он стремился быть не на последнем месте, «произвесть себя, — по его словам, — отличным от других».