Центральная сюжетная линия "Сибири" связана с образом двадцатитрехлетнего Ивана Акимова, профессионального революционера, недавнего студента петербургского Политехнического института, отбывающего ссылку в Нарыме. В октябре 1916 года Акимов получает задание ЦК РСДРП незамедлительно отправиться в Стокгольм, чтобы спасти от расхищения архив известного исследователя Сибири профессора Лихачева. Для этого Гранит такова подпольная кличка Акимова - должен бежать из ссылки и получить в Томском подпольном комитете партии деньги и паспорт на имя служащего шведско-датской телефонной компании. Их везет для Акимова из Петербурга юная большевичка Катя Ксенофонтова, студентка Бестужевских курсов, не просто товарищ по подпольной работе, а близкий, любимый человек.

Хотя собственно романное действие длится всего четыре месяца, в сознании героев (а значит, и читателя) время как бы раздвигается. В сюжет, движущийся подчас со стремительностью приключенческого повествования, впрессовываются, отнюдь не в ущерб внутренней напряженности, многочисленные реминисценции, отступления к событиям, которые происходят в ином месте либо предшествовали описанным. Существенно расширяют пространство романа и размышления героев о завтрашнем дне, простирающиеся, например, в дневниках Лихачева до постановки проблем, к которым сегодняшние прогнозисты развития Сибири еще только подходят.

Такое построение позволяет автору без ущерба для жизненной полноты изображения действительности добиваться политической и философской насыщенности романа и, что еще важнее, интеллектуализации таких фигур, как Акимов, Лихачев, Катя. В то же время расходящиеся от основной сюжетной линии круги отступлений, воспоминаний, параллельные главному и периферийные планы "снимают" ощущение локальной замкнутости действия. Читатель неизменно чувствует, что действие происходит не только в Томске, Петербурге, Голещихиной, Лукьяновке или Стокгольме, а на земном шаре.