Поворотным для Щаранского стал девятый год заключения.

По его инициативе в Израиле был создал Сионистский форум – общественная организация, занимавшаяся проблемами абсорбции (обустройства, вживания) репатриантов из Советского Союза. В июле 1995 года он объявил о создании нового политического движения выходцев из бывшего СССР – «Исраэль ба-Алия». Данное политическое движение позволяло ему обеспечить себе поддержку на выборах 1996 года, благодаря тому, что русские в то время составляли уже около 20 процентов населения шестимиллионного населения Израиля. Естественно, что на выборах партия получила семь мест в кнессете и два министерских портфеля. Натан Щаранский возглавил торгово-промышленное ведомство в правительстве Беньямина Нетаньяху, а Юрий Эдельштейн стал министром по делам абсорбции. В 1999 году «Исраэль ба-Алия» получила шесть мандатов, а Эхуд Барак назначил Щаранского главой МВД. Но политические разногласия привели к тому, что через год Щаранский подал в отставку в знак протеста против переговоров с палестинцами о статусе Иерусалима, по его мнению, город должен находиться под безусловным контролем Израиля. К тому же у него с Бараком существовали некоторые разногласия по вопросам абсорбции, да и вообще отношения складывались заметно хуже, чем с Нетаньяху, с которым у Щаранского были дружеские отношения.

Именно к этому времени относится его апокрифический диалог с Владимиром Путиным.

Путин: – Привет, Натан! Мы с интересом следим за Вашей карьерой!

Щаранский: – Привет, господин президент! Мы тоже с интересом следим за Вашей карьерой. Когда полтора года назад Вы, будучи главой ФСБ, раскрыли передо мной папки моего дела, я сразу понял, что Вы далеко пойдете.

Путин: – Мы Вас любим, Натан, но Вы Барака все-таки не обижайте. Он славный парень.