Хотя надо признать, что подобный технократический подход не очень-то укладывался в советскую партийно-политическую схему. И руководители Президиума ЦК КПСС это чувствовали. Не случайно спустя какое-то время после падения Л.П. Берия, система ГУЛАГа вновь была возвращена в МВД, вновь выделилось самостоятельное ведомство госбезопасности (КГБ) и, наконец, пошел процесс возвращения в МВД некоторых производственно-хозяйственных главков. Так, в феврале 1954 г. в МВД вернулось Главное управление лагерей лесной промышленности, а в марте того же года и Главное управление лагерей промышленного строительства.

Наряду с отмеченными выше реорганизациями, вслед за смертью Сталина была объявлена амнистия, давшая свободу более чем миллиону человек. Указ Президиума Верховного Совета СССР от 27 марта 1953 г. объявил об освобождении ряда категорий осужденных «не представляющих серьезной опасности для общества». Основным мотивом издания этого акта являлся, конечно же, не гуманизм властей, а стремление освободить места заключения от практически нетрудоспособных инвалидов, женщин и детей и заменить их полноценной рабочей силой. При этом Указ не затрагивал категории политических заключенных, и их по-прежнему числили как «особо опасных». Результатом подобной политики стало массовое недовольство этой части лагерного населения и, как следствие, получившие большой резонанс восстания в лагерях.

В 1954 г. начинается процесс пересмотра дел осужденных по политическим статьям, и с этого времени постепенно число политических заключенных в исправительно-трудовых лагерях идет на убыль. 1956 год мог стать рубежом начала серьезной реформы советской пенитенциарной системы и последним годом жизни лагерного устройства. Тогда, на волне XX съезда и в русле начавшихся реформ, возникло предложение о закрытии всех лагерей и переводе заключенных в тюрьмы. Однако этого не произошло.

Хрущевские нововведения и реформы носили, конечно же, половинчатый характер.