В «Йога-упанишадах» обнаруживается и первое описание особой физиологии, которая в дальнейшем станет основой учения тантризма и, являясь исключительно интересным феноменом, до сих пор вызывает нездоровый ажиотаж среди просвещённых умов нашего века.

Всем известно, что, когда человек здоров, работа его внутренних органов не проявляется в ощущениях, внутренняя «кухня» психики также не воспринимаема сознанием, если нет перегрузок либо внутренней коммуникационной патологии. Не так давно были определены так называемые зоны Захарьина-Геда — проекции внутренних органов на поверхность тела человека, в этих областях при нарушении физиологической деятельности органов и систем возникают различные, вполне определённые ощущения. На этом отчасти основан эффект древнекитайских методов иглоукалывания и прижигания — «чжень-цзю» терапии. Но можно вспомнить, что если прижигание поверхностно, то воздействие иглами осуществляется порой при достаточно большой глубине уколов, иными словами активные области располагаются в объёме организма, а не только на его поверхности.

При определённых манипуляциях с организмом во время практики йоги, когда сосредоточенное внимание нацелено на внутренний объём тела или на фиксированные его области, в силу новизны происходящего начинает улавливаться ряд нервных процессов, отклоняющихся от своего обычного течения, которые разворачиваются в теле и психике только при данном виде деятельности — йогическом самонаблюдении. Поскольку «устройство» физиологического механизма стандартно, эти новые «рисунки» ощущений и состояния, им соответствующие, также остаются типовыми, хотя и необычными для тех, кто впервые это испытывает. Локализация новых ощущений происходит в областях, прилегающих к железам эндокринной системы, что, в свою очередь, влияя на них, порождает вторичные стандартные эффекты психофизических переживаний. Когда субъект прекращает специфические действия с дыханием и телом либо выходит из медитации, обычное состояние сознания восстанавливается.